A história do Complexo Pequeno Príncipe começou em 1919, quando a Cruz Vermelha iniciou o atendimento de saúde às crianças do Paraná. No ano seguinte, começou a construção do Hospital de Crianças, que mais tarde passou a ser chamado de Hospital de Crianças César Pernetta, em homenagem ao grande pediatra paranaense que atuou na instituição.

Já em 1930, o Complexo se preocupava com a capacitação das pessoas para o cuidado com a saúde. Foi inaugurada naquele ano a Escola de Mãezinhas e a Escola de Enfermeiras. Em 1935, a Cruz Vermelha cedeu o hospital para a Faculdade de Medicina do Paraná.

Como a demanda por atendimento continuava crescendo, em 1956 um grupo de voluntários fundou a Associação Hospitalar de Proteção à Infância Dr. Raul Carneiro, com a finalidade de captar recursos para ajudar a ampliar o atendimento até então oferecido. Foi a Associação quem viabilizou a construção do Hospital Pequeno Príncipe, inaugurado no início da década de 70.

Hoje, o Complexo Pequeno Príncipe conta com o maior hospital exclusivamente pediátrico do Sul do Brasil, que oferece o maior número de especialidades no país. É referência no tratamento de alta e média complexidade, além de destinar cerca de 70% de sua capacidade para o Sistema Único de Saúde (SUS).

Em 2003, o Complexo passou a contar com uma unidade educacional, o Instituto de Ensino Superior Pequeno Príncipe – atualmente Faculdades Pequeno Príncipe. Em 2006, foi inaugurada a sede do Instituto de Pesquisa Pelé Pequeno Príncipe, com foco na saúde da Criança e do Adolescente. Dessa forma, foi consolidado o tripé “assistência – ensino – pesquisa” tão almejado pela diretoria da Associação Hospitalar de Proteção à Infância Dr. Raul Carneiro.